Marconi100 è il supercomputer impiegato nella ricerca farmaceutica contro il coronavirus

Grazie all’utilizzo del supercomputer Marconi100 il Cineca, Consorzio interuniversitario per l’high performance computing, sta simulando il comportamento delle proteine che permettono al virus di replicarsi. Queste simulazioni servono per poter testare virtualmente le molecole farmaceutiche che riescono a inibire il virus in maniera più efficace in modo da poter accelerare i tempi di sviluppo di farmaci.

Secondo l’ultima edizione della classifica Top500, il Marconi 100 è attualmente il più potente supercomputer utilizzato in Italia, il secondo in Europa e il nono a livello globale. La sua potenza di elaborazione dati sfiora i 32 petaflops teorici di picco, dato che per chi mastica un po’ meno la terminologia tecnica e traducibile nella capacità di eseguire 32 milioni di miliardi di calcoli al secondo. Il Supercomputer italiano è stato costruito con la stessa tecnologia Ibm Power9 e NvidiaV100 Tensor Core Gpus di Summit, il sistema attualmente più avanzato che si trova al Dipartimento per l’energia statunitense.

Il Cineca spiega sul suo blog che il Marconi100 viene utilizzato in chiave anti-Covid19 per individuare terapie in grado di ridurre l’aggressività patogena del coronavirus. Il supercomputer impiega circa una settimana di simulazione continua per ottenere i dati relativi al comportamento di una singola proteina del virus. Lo stesso calcolo eseguito da un normale computer domestico impegnerebbe la macchina per 4 mesi.

Come dimostra in particolare l’attività del sistema Summit, senza la disponibilità di queste architetture occorrerebbero tempi molto più lunghi, incompatibili con il bisogno urgente di trovare una soluzione”, spiega Enrico Cereda, presidente e amministratore delegato di Ibm Italia.

Eugenio Di Sciascio, presidente facente funzione del Cineca ha spiegato che il Marconi100 “permetterà di garantire alla comunità scientifica nazionale ed europea l’accesso a un sistema di super calcolo di grande stabilità di produzione e di elevata qualità del servizio”.

I risultati ottenuti dal Cineca verranno analizzati dalla piattaforma virtuale Exscalate come parte degli sforzi europei per contrastare il coronavirus. La piattaforma in questione è stata sviluppata dal Cineca in collaborazione con il Politecnico di Milano e Dompè, l’azienda biofarmaceutica italiana che sta guidando il progetto Exscalate4CoV sovvenzionato dalla commissione europea per individuare i farmaci più sicuri per un trattamento immediato della popolazione infetta. Exscalate è già stata utilizzata nello studio del virus Zika dimostrandosi affidabile e di grande supporto alla ricerca farmacologica.

Il fulcro del progetto Exscalate4CoV è proprio il sistema di supercalcolo che permetterà di sfruttare computer come il Marconi100 per valutare complessivamente più di 3 milioni di molecole al secondo. Tutti questi calcoli non comporteranno però un aumento del consumo energetico poiché il Marconi100 può contare su un’efficienza energetica tre volte superiore al suo sistema precedente a parità di capacità d’elaborazione dati.

 

 

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